依據本總隊「申請內政部空中勤務總隊派遣航空器作業規定」：
一、各需求單位須填具「內政部空中勤務總隊航空器申請表」，經由各該管中央業務主管機關審查後，傳真至本總隊勤務指揮中心受理。但情況緊急時得以口頭申請敘明任務性質、災況情形、位置 座標、無線電頻率及現場指揮官聯絡電話號碼；惟書面資料應於十分鐘內詳填申請表所列各項內容循上述程序補送本總隊勤務 指揮中心。
二、空中轉診或器官移植緊急運送，由申請單位依據救護直昇機管理 辦法填具「空中轉診申請表」或「器官移植緊急運送申請表」經內政部消防署及行政院衛生署空中緊急醫療救護諮詢中心審查後 ，傳真至本總隊勤務指揮中心受理。
三、演習或訓練事項，須填具「內政部空中勤務總隊航空器申請表」並附演習或訓練計畫，函報中央業務主管機關審查後，於演習或訓練二個星期前函轉至本處（航勤組）提出申請。
四、巡邏、監測、空勘航攝及其他需要之空中支援等例行性勤務，應檢附計畫函報中央業務主管機關審查後，於一個月前行文至本總隊(勤務指揮中心)提出申請。