（一）申請作業程序
- 需求(申請)單位填具「本總隊航空器申請表」（如附件1），經由中央業務主管機關審查後，傳真至本總隊，並以電話聯繫確認收到。但情況緊急時，得以電話申請並敘明任務性質、災況情形、位置座標、無線電頻率及現場指揮官聯絡電話號碼；惟書面資料應於10分鐘內詳填申請表所列資料循上述程序補送。
- 需求(申請)機關需指派相關專業人員登機共同執行任務，並填具登機共同執勤作業人員名單（如附件2），載明職稱、姓名、國民身分證統一編號、工作性質、體重、攜行裝備、及搭機同意書(如附件3)等資料併同申請表送本總隊審核；除已將固定共同執勤作業人員造冊送本總隊備查者外。
- 空中轉診或器官移植緊急運送，申請單位填具「空中轉診申請表」或「器官移植緊急運送申請表」，經衛生福利部空中轉診審核中心審查後，傳真至本總隊，並以電話聯繫確認收到。
- 申請支援演習或訓練事項者，申請單位填具「本總隊航空器申請表」並附演習或訓練計畫，函請中央業務主管機關審查後，於演習或訓練1週前函轉本總隊辦理。
- 巡邏、監測、空勘航攝及其他需要之空中支援等例行性勤務，應檢附計畫函報中央業務主管機關審查後，於1週前行文本總隊辦理。
- 申請航空器申請派遣流程，如附件4、4-1。
（二）審核作業程序
- 本總隊勤務指揮中心(以下簡稱勤指中心)執勤人員受理中央業務主管機關轉報之緊急任務航空器申請表時，應依申請表所列項目逐一審查，必要時主動與申請單位聯繫，詳查各項支援細節，並考量勤務種類、狀況、天氣、機況、能力等因素分析研判，如確屬緊急狀況，且符合出勤條件時，應於20分鐘內查明各項支援細節並完成派遣程序；若為非必要任務或無法出勤支援時，亦應於20分鐘內告知申請機關。
- 執勤人員接獲民眾或未經中央業務主管機關審核之緊急任務，應先通知備勤機待命，經相關業務主管機關查證並確認申請時，即刻派遣備勤機執行。
- 申請空中轉診或器官移植緊急運送事項，未經衛生福利部空中轉診審核中心審查核可者，不予受理。
- 非屬下列演習或訓練支援申請事項者，不予受理：
(1) 年度計畫性或專案性救災或防範犯罪演訓項目。
(2) 市、縣(市)政府層級以上辦理或中央災害防救業務主管機關委辦之重大演習或訓練，對於提升災害搶救技能顯有重大助益者。
(3) 其他具特殊狀況需求，經中央業務主管機關核准之項目。
- 前款申請事項審核結果，應於演習或訓練前回覆中央業務主管機關，並副知申請機關。
- 申請本總隊支援之演習、訓練或其他例行性勤務，未依期限(1週前)行文至本總隊者，得不予受理。
（三）派遣作業程序
1.派遣程序如下：
(1) 本總隊勤指中心執勤人員受理審查核准之緊急任務，直接派遣航空器執行，如需派遣行政院國家搜救指揮中心(以下簡稱國搜中心)之搜救待命機時，應副知該中心。
(2) 本總隊各勤務隊之備勤機無法執行任務，應填具無法執行飛航任務報告單，但情況緊急時得直接以口頭回報，並於20分鐘內補送。
(3) 本總隊派遣航空器支援演習、訓練或其他例行性勤務者，非經國搜中心與本總隊核准，不得派遣搜救待命機執行。
2.派遣優先順序如下：
(1) 人命優先原則：生命危急案件，優先派遣。
(2) 嚴重緊急優先原則：嚴重緊急事故案件，優先派遣。
(3) 偏遠離島地區優先原則：交通不便、醫療短缺地區，優先派遣。
3.派遣原則：
(1) 合適機種原則：以勤務需求及性能考量，派遣適當機種執行。
(2) 快速就近原則：以時間因素及地點考量，派遣適當機種執行。
(3) 遇本總隊無合適機種，為考量救災時效或屬國搜中心任務範圍者，得轉請該中心支援。
(4) 為避免執勤機陷入夜間作業風險，在預估起飛、航程與20分鐘吊掛作業時間，已逾終昏時，陸上(含山區)任務於翌日清晨執行；海上(含岸際)吊掛任務，派遣適合夜間吊掛作業直升機，或報請國搜中心支援。
4.派遣命令包括：
(1) 勤務種類、性質與規模。
(2) 執勤時間、地點（座標）。
(3) 人力、機型及數量。
(4) 執勤機編號。
(5) 通信頻率。
(6) 管制單位。
(7) 現場受理報到單位(人員)等相關資料。
(8) 其他相關目標區資料。