一、派遣程序如下：
(一)緊急臨時任務由本總隊勤務指揮中心執勤人員受理航空器申請表審查通過，並經當日總值日官核准後，直接派遣備勤機執勤，如需動用搜救待命機應向行政院國家搜救指揮中心備案。
(二)本總隊所屬備勤機(含搜救待命機)無法執行任務，應填具報告單，詳述無法執行任務之原因經大隊長(或代理人)核章後回覆本總隊勤務指揮中心，但情況緊急時得直接以口頭回報，惟書面資料應於廿分鐘內補送。
(三)演習、訓練或例行性勤務事項申請派遣航空器，經本總隊審查核准後，由本總隊勤務大隊派遣所屬適當之機隊實施，非經行政院國家搜救指揮中心與本總隊核准不得動用搜救待命機執行。
二、本總隊航空器派遣優先順序如下：
(一)人命優先原則：生命危急案件，優先派遣。
(二)嚴重緊急優先原則：嚴重緊急事故案件，優先派遣。
(三)偏遠離島地區優先原則：交通不便、醫療短缺之地區，優先派遣。
三、本總隊航空器派遣原則如下：
(一)合適機種原則：以勤務需求及性能考量，派遣適當機種執行。
(二)快速就近原則：以時間因素及地點考量，派遣適當機種執行。如本總隊無合適機種或考量救災時效，屬行政院國家搜救指揮中心任務範圍者得轉請行政院國家搜救指揮中心指派國軍合適機種支援。
四、派遣命令應包括：
(一)勤務種類、性質與規模。
(二)執勤時間、地點（座標）。
(三)人力、機型及數量。
(四)任務機編號。
(五)通信頻率。
(六)管制單位。
(七)現場受理報到單位(人員)等相關資料。
(八)其他相關目標區資料。